巴音郭楞蒙古自治州工商行政管理局（简称巴州工商局）于1979年3月28日成立，为正县（处）级建制。现下辖库尔勒市工商局、焉耆县工商局、和静县工商局、和硕县工商局、博湖县工商局、轮台县工商局、尉犁县工商局、且末县工商局、若羌县工商局和马兰工商分局、库尔勒经济技术开发区工商分局等11个机构。

巴州工商局是行政区域内主管市场监管和行政执法的行政机关。自恢复组建之日至1998年，管理体制是“条块结合，以块为主”，受巴州党委、人民政府领导，业务上受自治区工商局指导。1999年党中央、国务院决定改革工商行政管理体制后，管理体制改为“条块结合，以条为主”，受自治区工商局领导和业务指导，行使党和国家以及法律法规所赋予地（州）级工商行政管理机关的行政职权。负责本行政区域内的市场监督管理和有关行政执法工作，领导所属县（市）的工商行政管理工作。